裁判の経過年表(1)、仮処分手続（2004年6月24日～2005年1月16日）

禁断の科学裁判
　－－－ナウシカの腐海の森は防げるだろうか－－－

裁判の経過年表(2)、本案訴訟手続（2005年12月19日～2010年11月24日）

★の書面は重要・基本書面。準１は準備書面１の略称。DEはディフェンシンの略称。黄色部分は裁判が開かれた日。グリーン部分は鑑定関係の出来事。
　　※本裁判の全体は、概ね次の６つの山から構成される。

１、裁判のテーマ＝主張（争点）の整理→ディフェンシン耐性菌の論点がメインテーマとなる。
２、被告の反証と裁判所の提案：黒田報告書（乙１８・１９）黒田実験（乙１９）に対して、裁判所から「原告被告による共同実験」の提案→被告が拒否したため、第三者による鑑定実施へ。
３、誰を鑑定人に選任するか・鑑定方法（生物検定法の可否・免疫測定法の具体的方法）をめぐり、原告被告間で激論→原告推薦の大学教授が鑑定人に選任される。生物検定法ｊはやらず、免疫測定法のみ実施。
４、鑑定人の鑑定実施：当初半年強の予定が１年半かかった。→鑑定人に送付する資料の範囲をめぐって意見が対立。被告提供の抗体の不能が判明、一から作り直すために半年間要す。その抗体が不備のため、鑑定実験が難航（非組換えイネまで抗体反応を起し、質量分析実施まで実施）。その挙句、最終結論は鑑定不能というもの。
５、定不能の結論に対し、その評価をめぐり原告被告間で激論。→裁判所の判断：(1)、鑑定の結論以外の鑑定人の考察部分は検討しない。(2)、原告提案の再鑑定は実施しない。
６、鑑定以外の方法で、ディフェンシン耐性菌出現・増殖の可能性の主張・立証の検討→裁判所、１回の原告主張（準備書面２５）・立証（甲９４～１０４）だけで審理終結。

月日	原　告		月日	被　告
第１段階	～2006.3.28	裁判のテーマ＝主張（争点）の整理	ディフェンシン耐性菌の論点がメインテーマとなる。
200512.19	訴状
12.26	証拠説明書１	甲１～５６の提出その詳細は＝＞こちら
同	★金川意見書（甲２０）（本体 + 別紙））	１、ディフェンシン問題の本質について２、ディフェンシン問題の各論（１）ディフェンシンがイネ内部で大量に生産される（２）イネ内部で生産された大量のディフェンシンがイネ外部に流出する（３）イネ外部に流出したディフェンシンが水中や土壌に流出する（４）ディフェンシンが様々な菌と接触する（５）ディフェンシン耐性菌が出現する（６）本件圃場の外部にディフェンシン耐性菌が流出する（７）ディフェンシン耐性菌が増殖する（８）増殖したディフェンシン耐性菌が周辺環境に影響を与える（９）その他３、過去に起きた抗生物質耐性菌出現の教訓
2006. 1.30	準１	(1)DE耐性菌出現の可能性を具体的に詳述。 (2)仮処分の被告反論書面（高木報告書・黒田陳述書・第2黒田陳述書）への批判	2.1	答弁書証拠説明書(１）	訴状に対する答弁。
2.2	第1回	訴状要旨陳述・原告意見陳述。当日の裁判報告。
2.16	★準２（本文＋一覧表）	昨年の仮処分手続中の双方の主張･立証の経緯を踏まえ、本訴において問題となると思われる事実上及び法律上の論点を網羅し、それらの論点について、原告の主張を明らかにしたもの。	2.21	準１証拠説明書（２）	原告準１への反論：DE耐性菌問題は「空想的科学に基づく危惧にすぎない」原告への求釈明（交雑の有無やDE耐性菌出現の有無について原告は実証したのか）
2.22	第２回	第1回準備手続。被告準備書面１の求釈明に対し、原告より回答：①危害が発生する具体的な危険に基づく差止請求である。②カルタヘナ法、生物多様性国家戦略が採用する予防原則に照らし、原告の指摘に対して、被告が自ら交雑やDE耐性菌発生の危険がないことを具体的に主張、立証しなければならない。当日の裁判報告。
2.27	準３	(1)被告準備書面１の求釈明に対する回答 (2)被告への求釈明（昨年の野外実験の報告）
第２段階	～2006.7.13	被告の反証と裁判所の提案：黒田報告書（乙１８・１９）黒田実験（乙１９）に対して、裁判所から「原告被告による共同実験」の提案	被告が拒否したため、第三者による鑑定実施へ。
			3.29 3.30 3.31	★乙18 ★準２ ★乙19 ★乙21 証拠説明書(３）	黒田意見書（原告準１への反論） ①DE耐性菌問題、②交雑問題に対する被告の基本的な主張黒田実験被告の実験報告乙17～24
4.13	求釈明（意見書）	被告準２のうち、 DEの「常時」「大量」 DEと細胞壁との電気的結合 DE耐性菌と抗生物質耐性菌との対比交雑について昨年の実験結果カルタヘナ法違反
4.14	第３回裁判長交代	第２回準備手続。裁判所より双方に主張整理の求釈明（4.14付書面化）。原告←①DEがGMイネの体外に出るメカニズム　②抗生物質耐性菌との対比の当否被告←①昨年の実験の調査　②DE生産のメカニズム　③「常時大量にDEを産出」の意味。当日の裁判報告。
5.11	準４	DEがイネ体外に出るかについての理論的、実証的主張。乙18黒田意見書への反論	5.7	★乙25	黒田報告書（追加実験）
5.11	★生井陳述書(3)（甲70）（本体＋別紙＋参考文献）	同上の論点につき、理論的、実証的に解説。 (1)電気的結合に関する被告の主張 (2)反論１：実証例 (3)反論２：生物における一般的な結合と解離のあり方 (4)反論３：イオン交換の原理 (5)反論４：被告主張の矛盾（背理法）― (6)結合しないディフェンシンまたは解離したディフェンシンの外部流出について (7)被告が実施した検証実験（乙1８黒田意見書）に対する論評
			5.17 5.18	乙26 準３証拠説明書(４）	田中意見書（回答）第３回期日における裁判所の求釈明に対する回答乙25～26
			5.24	準４	原告の未回答に対する被告の見解
			同	準５	生井陳述書(甲70)作成経緯に対する疑義の表明
			同	準６	原告準４に対する求釈明
			同	準７	同上（「常時大量」のDEのイネ体外への流出の有無）
5.25	第４回	第３回準備手続。裁判所より「共同実験の提案」あり。当日の裁判報告。
6.15	準５	(1)「抗生物質耐性菌との対比」に関する被告主張への反論 (2)「ディフェンシンの常時かつ大量産生」に関する被告主張（準３）への反論 (3)被告準６の求釈明に対する回答 (4)被告準７の求釈明に対する回答
6.30	★準６	原告が提案する共同実験の概要	6.30	★準８乙27 証拠説明書（5)	原告準４への反論イオン交換実験報告書乙27～28
7.4	準７	準６の補足
7.11	準８	木暮意見書 (2)（甲71）の概要を紹介。
同	★木暮意見書(2)（甲71）（本体＋別紙１＋別紙２）甲７２その訳文	(1)抗生物質耐性菌からの教訓 (2)ディフェンシン耐性菌発生の一般的蓋然性について (3)ディフェンシン耐性菌発生のメカニズムについて (4)本実験により危惧される耐性菌のヒト等への危険の具体例―緑膿菌― Nature　Newsオンライン版：2002年Zasloff氏の自説変更に関する記事
			7.13	準９	原告準６への反論（原告提案の２つの実験を被告は行なわない）
			同	田中意見書(乙29) 証拠説明書(６）	木暮意見書(2)（甲71）に対する反論乙29
7.13	第５回	第４回準備手続。裁判所より「再実験の鑑定」の検討の依頼あり。当日の裁判報告。
第３段階	～2007.3.15	誰を鑑定人に選任するか・鑑定方法（生物検定法の可否・免疫測定法の具体的方法）をめぐり、原告被告間で激論。	原告推薦の大学教授が鑑定人に選任される。生物検定法ｊはやらず、免疫測定法のみ実施。
7.31	★準９	被告準備書面８への反論
8.1	準10	田中意見書 (乙29)に対する求釈明
8.18	★準11	黒田実験（乙19・25）の問題点を指摘。	8.7	乙30 証拠説明書（7)	乙30
同	鑑定申立	原告準準備書面６記載の２つの実験の実施。
			9.6	準10	原告準備書面９第1（ダイコン種子のDEとの対比）への反論
			9.7	準11	原告準備書面９第２（DEの常時大量生産）への反論
			同	準12	原告準備書面９第３（イオン交換原理）への反論
			同	準13	原告準備書面９第４（乙27田中報告書）への反論
			同	準14	原告準備書面９第５（抗生物質耐性菌との対比）への反論
			同	準15	原告準備書面10の求釈明に対する回答
			同	準16	原告準備書面11（黒田実験批判）への反論
			9.8	準17	鑑定先として東大海洋研が相応しくないこと。
			9.8	乙31　乙32	GMイネ監視市民センターHP ビジョン21HP
			同	証拠説明書８	乙31～32：木暮氏が本件GMイネの実験に対して特定の思想を有していること。
9.8	第６回	第５回準備手続。裁判所、「鑑定」の実施を決定。当日の裁判報告。当日の裁判所の調書。
同	準１２
			9.29	報告書	被告提案の実験内容の説明
10.10	準１３	ディフェンシン溶出の検証実験につき、9.29被告書面を踏まえ、原告の再提案を提示。	10.10	意見書	原告の8.18付鑑定申立に対する意見・反論
			10.20	準１８	原告が自らの主張「ディフェンシン常時大量流出論」を、本鑑定の中で否定している。
			10.24	準１９	原告準備書面１３に対する反論
			同	乙３３	田中報告書。Terrrasの実験に基づいて、生物検定法の検出能力が免疫測定法の数百分の１程度しか有していないこと。
			同	証拠説明書９	乙33．生物検定法の検出能力が免疫測定法の数百分の１程度しか有していないこと。
10.25	準１４	被告の10.10付意見書と被告の10.20付準備書面１８に対する反論
10.26	第７回	第６回準備手続。実施機関、鑑定費用、鑑定方法等について詰めの協議。次回へ続行。当日の裁判報告。当日の裁判所の調書。
			11.22	準２０	１、生物検定法に関する原告主張の欠缺を整理２、第７回期日における原告求釈明に対する回答
11.27	準１５	１、生物検定法の必要性について２、原告が推薦する鑑定嘱託先について３、被告が推薦する鑑定嘱託先について	11.27	準２１	被告推薦の鑑定実施機関として長岡技術科学大学の生物系及び環境・建築系を表明
同	証拠説明書６	甲75．仮処分却下の要望書を提出した長岡技術科学大学生物系では公正な鑑定を期待することができないこと。	同	証拠説明書１０	乙34～35の３．長岡技術科学大学の生物系及び環境・建築系が鑑定実施機関として相応しいこと。
			12.5	準２２	生物検定法が本鑑定実施方法として不適切であることを補足。
			同	証拠説明書１１	乙36～3７の６．免疫測定法が科学全般の基礎的実験方法として、全世界的に認められていること。本年度野外実験の交雑調査結果とその情報公開について。
			12.6	準２３	１、長岡技術科学大学生物系所属の教授らが提出した仮処分事件の却下を求める要望書は、嘱託先としての公正・中立さを減殺することにならない。２、もしそうなら、原告推薦の京大の研究室の教授も同罪である。
			同	準２４
			同	証拠説明書１２	長岡技術科学大学生物系所属の教授らが提出した仮処分事件の却下を求める要望書は、それ以外の数多くの優れた研究者が提出しており、嘱託先としての公正・中立さを減殺することにならない。
			同	証拠説明書１３	新たに、東京大学大学院　新領域創成科学研究科先端生命科学専攻が、嘱託先として相応しいこと。
12.7	準１６	１、被告準備書面２０に対する反論２、原告推薦の鑑定嘱託先についての補足
同	証拠説明書７	甲76．原告推薦の「全能性統御機構学分野」の主な研究業績の１つがイネの培養や個体再生に関することであり、本GMイネの実験を実施するに相応しい研究機関であること。
12.7	第８回	第７回準備手続。裁判所は、生物検定法を実施する立場を表明。実施機関についても、京大を適任と表明したが、被告が前日、新たな研究機関を提案してきたので、正式な決定は次回に。当日の裁判報告。当日の裁判所の調書。
12.20	回答催促	８回の期日に、被告が新たに推薦した「東京大学大学院　新領域創成科学研究科先端生命科学専攻」について、誰が鑑定を実施するのか、回答する約束であったのに未だに回答がない。至急、回答されたいという催促。	12.20	回答	宇垣正志（うがき　まさし）教授／生命科学研究系が実施の責任者である旨回答。
12.31	★準１７＋別紙１	免疫測定法に関する原告の最終提案
同	証拠説明書８	甲77～78．濃縮操作のひとつである免疫沈降法とアフィニティークロマトグラフィーの解説。
2007年			1.22	準２５	鑑定の嘱託先に関する被告意見１、嘱託先は一ヵ所であるべきである。２、原告提案は複数箇所であり、不適切である。３、被告提案が最適であること。４、生物検定法と免疫測定法の精度の差について
			同	★準２６	鑑定嘱託内容に関する被告の最終意見１、証すべき事実　GMイネからディフェンシンが体外に常時大量に溶出しないこと。２、鑑定嘱託先東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命化学専攻３、以下の３種類の実験 (1)、水田中のディフェンシンの有無 (2)、免疫測定法 (3)、生物検定法
2.1	準１８	１、被告推薦の鑑定嘱託先（代表者宇垣正志教授）に対する問題点の指摘２、原告推薦の生物検定法の鑑定嘱託先が適切であること。３、鑑定嘱託先を1つの機関にすべき必然性がないこと。４、生物検定法による実験方法に関する原告の見解	1.31	★準２７	原告準備書面１７（免疫測定法に関する原告の最終提案）に対する反論
同	証拠説明書９	甲79～84。甲79（公開特許公報）：1999年７月、宇垣正志氏と田中宥司氏らの共同研究「単子葉植物の超迅速形質転換法」が特許出願されたこと（その当時、宇垣氏も田中氏も農林水産省農業生物資源研究所の職員であったこと）。甲80（「アグロバクテリウムによるイネの新規効率的形質転換法の開発」）：宇垣氏と田中氏らの共同研究「単子葉植物の超迅速形質転換法」がイネ発芽種子を用いたものであること、上記共同研究が特許として登録されたこと。甲81・82：宇垣氏と田中氏らの共同研究「イネにおけるジャスモン酸応答性遺伝子RERJ1の機能解析」の成果について、植物化学調節学会第36回大会＆日本農芸化学会大会で報告されたこと。	2.6	準２８	１、原告準備書面１８の１（宇垣正志教授の問題点））に対する反論２、同の２（原告推薦の生物検定法の鑑定嘱託先）に対する反論３、同の３（鑑定嘱託先を1つの機関にすべき必然性がない）に対する反論４、鑑定嘱託先に関する被告の新たな提案（代表者吉村東大教授）
			同	証拠説書１４
			同	乙104	田中陳述書（宇垣教授と被告職員田中宥司氏との関係について）
2.8	第９回	第８回準備手続。裁判所、「生物検定法を実施すべきかどうか裁判所には判断できない。免疫測定法の実施機関に、生物検定法を実施する必要があるかどうか、あるなら同一機関で実施をしてもらいたい。現在のところ、それを満たしていると思われる実施機関は東大の吉村研究室だろう」被告、この考えに諸手をあげて賛成。原告、①京大の佐藤研究室で生物検定法が可能かどうか、②生物検定法を撤回するかどうか再検討したい、③つい今しがた提案されたばかりの吉村研究室の中立公平性について不明であること、等から意見を保留し、次回までに結論を述べることにした。当日の裁判報告。当日の裁判所の調書
			3.5	準２９	2月8日の期日における原告の「生物検定法の撤回の検討」に対する被告意見
			同	準３０	原告提案の「試料イネにディフェンシンが含まれる量の測定実験」に対する被告意見
3.8	準１９	１、生物検定法を撤回。２、被告の佐藤研究室批判に対する反論３、被告推薦の吉村研究室の問題点４、試料イネにディフェンシンが含まれる量の測定の必要性	3.9	証拠説書１５	乙105～107。金川貴博氏と（原告推薦の研究室代表の）佐藤文彦教授との人的関係が本鑑定の公正性、誠実性に影響を与えること。
同	証拠説明書10	甲85～87。吉村東大教授が、東北大学のGM稲野外栽培実験に発展した鉄欠乏耐性GMイネの開発研究の主たる研究参加者として名を連ねていること。吉村教授が、森敏東京大学名誉教授、西澤直子東京大学教授と共同で発表した論文が28件載せられていること。	同	乙105～107	乙105：被告職員田中宥司氏が被告理事林徹氏に金川氏と佐藤氏の人的関係について問い合わせをした文書。乙106：被告理事林徹氏の陳述が中立公正であると保障した被告職員田中宥司の陳述書。乙107：被告理事林氏作成の意見書。
同	甲８５	表題：「東北大学のGM稲野外栽培実験反対署名にご協力を」という文書立証趣旨：2005年から、東京大学大学院農学生命科学研究科と東北大学大学院農学研究科の共同により、鉄欠乏耐性遺伝子組換えイネの野外実験が、多数の市民の声を無視して強行されている事実。	3.12	準３１	原告準備書面19の３（原告推薦の吉村研究室の問題点）に対する反論
			同	証拠説書１６	乙108。金川貴博氏と（原告推薦の研究室代表の）佐藤文彦教授との人的関係が本鑑定の公正性、誠実性に影響を与えること。
			同	乙108 （1頁のみ）	表題：京都大学農学部名簿立証趣旨：金川貴博氏と佐藤文彦教授との人的関係
3.14	準２０	１、乙107（林意見書）に対する反論（甲８８：金川意見書）２、被告準備書面（31）（吉村研究室の弁護）に対する反論	3.14	準３２	原告準備書面19の４（試料イネにディフェンシンが含まれる量の測定の必要性）に対する反論
同	証拠説明書11	甲88～90。 1995年から2002年まで、吉村悦郎助教授が森敏東大教授の研究室（生物生産育種化学）のメンバーであったこと。	3.15	準３３	１、原告準備書面２０の１（甲88：金川意見）に対する反論２、本GMイネの野外実験と鉄欠乏耐性遺伝子組換えイネの野外実験とが無関係であること。　　　　　　　　　↑ のち、同日の期日において、２の主張を撤回。
	金川意見書甲８８	表題：金川貴博氏の陳述書立証趣旨：１、金川貴博氏が京都学園大学教授に就任した前も後も、京都大学の佐藤文彦教授と頻繁に会った事実は全くないこと。２、佐藤文彦教授が鑑定嘱託先候補を受諾した理由が、もっぱら佐藤教授自身の自発的な信念に基づくものであること。	同	準３４	原告準備書面２０の２（吉村研究室の問題点）に対する反論
			同	乙109 （1頁のみ）	表題：「新庄水田トラスト」のホームページ（抜粋）立証趣旨：甲87の作成者である「新庄水田トラスト」なる結社が展開する運動方針・内容　　　　　　　　　↑ のち、同日の期日において、この書証を提出しないことに修正。なお、甲87の作成者は「新庄水田トラスト」ではない。
3.15	第10回	第９回準備手続。原告の生物検定法撤回を受けて、裁判所、免疫測定法の鑑定機関につき、被告提案を斥け、原告提案の京大の佐藤文彦教授に依頼する旨決定。いよいよ、懸案の鑑定手続に入る。当日の裁判報告。当日の裁判所の調書。

第４段階	～2008.11.17	鑑定人の鑑定実施：当初半年強の予定が１年半かかった。	鑑定人に送付する資料の範囲をめぐって意見が対立。被告提供の抗体の不能が判明、一から作り直すために半年間要す。その抗体が不備のため、鑑定実験が難航（非組換えイネまで抗体反応を起し、質量分析実施まで実施）。その挙句、最終結論は鑑定不能というもの。
			3.22	準３５	鑑定の嘱託にあたって、鑑定人の佐藤京大教授に送付する資料について。
3.23	準２１	被告準備書面３５に対する原告の見解。
			3.26	準３６	原告準備書面２１に対する反論
3.27	鑑定事項及び送付資料（案）	鑑定事項、及び鑑定人の佐藤京大教授に送付する資料について、裁判所の案文を提示。
			3.29	意見書	裁判所の提案「鑑定事項及び送付資料（案）」に対する被告の見解。
4.13	意見書	裁判所の提案「鑑定事項及び送付資料（案）」に対する原告の見解。	4.13	意見書	原告の４月13日付意見書」に対する反論
同	証拠説明書１２
4.17	意見書(２）	被告の4月13日付「意見書」に対する反論
同	上申書	原告の同日付の「意見書(２）」の補足
			4.18	意見書(２）	原告の4月13日付「意見書」に対する反論
4.19	意見書(３）	被告の４月18日付「意見書(２）」に対する反論
			4.20	意見書(３）	原告の4月19日付「意見書(３）」に対する反論
4.23	裁判所の決定	鑑定人の佐藤京大教授に送付する資料の範囲をめぐって、３月15日以降、原告被告間で対立していたが、裁判所が判断を下した。
			5.2	★ご連絡	被告より、被告が保管中の、鑑定に使用する予定の「ディフェンシンの抗体」の能力が喪失し、使い物にならないという連絡アリ。通常では考えられない事態の発生。
5.11	鑑定試料の作製・確保について	被告保管中の抗体の能力喪失という事態発生を受けて、その対応策に関する原告の見解を述べたもの。
			5.15	ご連絡	抗体の提供の件及び原告の５月11日付「鑑定試料の作製・確保について」に対する被告の見解。
5.17	裁判所の決定	被告保管中の抗体の能力喪失という事態発生を受け、その対応策として、裁判所は、被告に改めて、抗体の作成を依頼することを決定。
同	意見書	裁判所の前記決定に対する原告の見解。
7.11	実験方法の策定	鑑定人の佐藤文彦京大教授より、実験方法の概要が示される。
7.14	鑑定の試料について	鑑定人の佐藤文彦京大教授より、被告に提供を依頼する試料についてのコメント。
			7.31	ご連絡	鑑定人佐藤教授の７月11日付文書「実験方法の策定」及び14日付文書「鑑定の試料について」に対するコメント。
8.10	鑑定に使用するイネについて
			8.20	ご連絡	原告の8月10日付「鑑定に使用するイネについて」に対するコメント
8.23	鑑定の試料について	鑑定人の佐藤文彦京大教授より、被告代理人からの鑑定の試料（抗体）作成に関する「ご連絡」に対するコメント。
			9.5	ご連絡	鑑定人佐藤教授の８月23日付「鑑定の試料について」に対するコメント。
9.8	被告「ご連絡２」に対する回答	鑑定人の佐藤文彦京大教授より、被告代理人からの９月５日付け「ご連絡２」に対する回答。
			9.25	ご連絡	鑑定人佐藤教授の９月８日付『被告「ご連絡２」に対する回答』に関するコメント
10.5	鑑定嘱託の決定	原告より申し出があった鑑定嘱託を採用する旨を決定する書面が作成。
2008年			1.23	準３７	鑑定後における訴訟進行に関する被告の意見
4.1	鑑定期間の延長の依頼と決定	鑑定人の佐藤文彦京大教授より「検出条件の確立にもうしばらく時間がかかるため、当初の４月末の提出期限を６月末に延長されたい」旨の申し入れがあり、裁判所、これを了承。
4.30		鑑定期間の当初の提出期限。
6.20	鑑定期間の再延長の依頼	鑑定人の佐藤文彦京大教授より、鑑定の期間を６月末をさらに２ヶ月（８月末まで）再延長するように依頼がある。再延長の依頼
6.30		鑑定期間の延長による提出期限。
8.31	鑑定期間の満了	鑑定期間の再延長による提出期限経過。
9.24	鑑定人から相談	鑑定人の佐藤文彦京大教授より、鑑定の実験で想定外の事態が発生したので、それに対する対応について相談される。佐藤教授の対応策は、新たな鑑定とも言うべき、外注による質量分析を実施したいというもの。相談のＦＡＸ
10.8	質量分析に関する原告の申入れ
？	質量分析の実施を決定	裁判所、質量分析の実施を決定。原告、予納金２０万円を納付。
10.30	鑑定報告書の予報の提出	鑑定人の佐藤文彦京大教授より鑑定報告書の予報が裁判所に提出される。鑑定報告書の予報
11.17	鑑定報告書の提出	鑑定人の佐藤文彦京大教授より鑑定報告書が裁判所に提出される。鑑定報告書本文.＋鑑定報告書別紙.＋実験記録本文.＋実験記録別紙.
第５段階	～2009.5.7	鑑定不能の結論に対し、その評価をめぐり原告被告間で激論。	裁判所の判断：(1)、鑑定の結論以外の鑑定人の考察部分は検討しない。 (2)、原告提案の再鑑定は実施しない。
2009年
2.2	意見書＋別紙１＋別紙２	鑑定人（佐藤文彦京大教授）作成の鑑定報告書に対する原告の見解。
			2.9	準３８	鑑定人（佐藤文彦京大教授）作成の鑑定報告書に対する被告の見解。
			2.10	準３８差替版	差替え版の送付書。
2.12	第12回	第11回準備手続。裁判所、原告意見書で主張された、鑑定報告に関する鑑定人へ質問を行なうことを却下。鑑定人に、再鑑定の意義について、裁判所を通じて質問することに決定。
			2.19	準３９	被告提供の抗体に何も問題がなかったことについて。
			同	証拠説明書18
3.11	鑑定人の回答	鑑定人の佐藤文彦教授より質問に対する回答が裁判所に提出される。裁判所の質問＋鑑定人の回答
			3.19	準４０	本件鑑定に対する評価について。
			同	証拠説明書19
			3.23	準４１	鑑定人（佐藤文彦京大教授）の３月11日付の回答に対する被告の見解。
3.24	再鑑定意見書	鑑定人（佐藤文彦京大教授）の３月11日付の回答を踏まえて、再鑑定を請求する原告の意見。
3.25	準２２	被告の準備書面４０・準備書面４１に対する反論。 2008年11月17日作成の鑑定報告書の詳細についての評価	3.25	準４２	原告の再鑑定意見書及び準備書面２２に対する反論
3.26	準２３	被告の準備書面４３に対する反論	3.26	準４３	原告の準備書面２３に対する被告の見解。
3.26	第13回	第12回準備手続。原告から、再鑑定の具体的条件について４月末までに提出する。
4.30	準２４	再鑑定の条件（抗体作成と実験本体）について原告の主張。
同	証拠説明書13
同	甲９３その訳文	2005年、Zasloff博士らの、抗菌タンパク質と菌との接触の中で耐性菌の出現を実験で確認した論文。
			5.1	準４４	再鑑定は却下すべきであることについて。
			5.7	★準４５	再鑑定は却下されるべきを主張するため、耐性菌出現・増殖の一般的条件について、原告とほぼ同一の見解を表明。
			同	準４６	精度の高い再鑑定が実施できる主張・立証がないことについて。
			同	準４７	原告の4月30日付「準備書面２４」に対するその余の反論
5.7	第14回	第13回準備手続。再鑑定は実施しないことを決定。準備手続、終結。原告より「鑑定以外の方法により、ディフェンシン耐性菌の出現・増殖の可能性を立証する」と申し出、双方とも６月17日までに提出。
第６段階	～2009.7.2	鑑定以外の方法で、ディフェンシン耐性菌出現・増殖の可能性の主張・立証の検討	裁判所、１回の原告主張（準備書面２５）・立証（甲９４～１０４）だけで審理終結。
6.17	★準２５	被告の主張（準備書面４５）と被告の実験データ・公開情報（甲９４・甲９５・甲９６・甲９７）に基づいて、耐性菌出現・増殖の可能性を立証。	6.17	準４８	甲９３の「訳文」に対する被告意見。
同	★準２６	耐性菌問題以外の問題点について、まとめたもの。１、交雑の現実的危険性について２、本野外実験の承認手続の瑕疵＝カルタヘナ法違反（その１）―イネに導入するディフェンシン遺伝子として、カラシナ由来の遺伝子と記載しながら、他方でGenBankの登録情報としてコマツナ由来の遺伝子を記載した― ３、本野外実験の承認手続の瑕疵＝カルタヘナ法違反（その２）―本GMイネで耐性菌出現は不可避で大問題になり得ることを認識していたにも関わらず、この問題について申請書に一切記載しなかった―	同	準４９	審理終結・請求棄却を求める主張。
同	証拠説明書14	以下の甲９４～１０５を提出。
同	甲９４	被告の公開特許公報（特開2003-88379）
同	甲９５	被告の実験成績証明書
同	甲９６	農研センター研究資料第３０号８頁（抜粋）
同	甲９７	プレスリリース「我が国独自の技術で安心な組換えイネを開発－大規模な減農薬栽培を実現する成果－」
同	甲９８	被告の中央農業総合研究センター研究報告第10号「大腸菌で発現させたカラシナ由来ディフェンシン（Bj-AFP1）の抗菌活性」
同	甲９９	論文「イネいもち病菌の病原性の変異に関する研究 : I．病原性の異なる2菌株の対峙培養および対峙接種による変異株の生成」
同	甲１００	配布資料「米国におけるBｔ作物の栽培基準について」
同	甲１０１	北海道の交雑等防止検討調査事業の結果概要
同	甲１０２	平成２０年度第１回北海道食の安全・安心委員会遺伝子組換え作物交雑等防止部会の概要
同	甲１０３	被告の実験成績証明書
同	甲１０４	被告の研究成果情報「複合病害抵抗性を示すディフェンシン遺伝子導入組換えイネ系統」
同	甲１０５	原告中島貴子の陳述書（原告となった理由・裁判官に期待すること）
			6.30	★準５０	原告の準２５・準２６に対する反論。被告自ら、本GMイネが半数致死濃度のディフェンシンを産生することを認める。
			同	証拠説明書20
			同	乙112 ～116
7.2	甲１０６	原告天明伸浩の陳述書
7.2	第11回	口頭弁論。被告の６月３０日提出の準備書面(50）と乙112～116は本来の提出期限（６月１７日）を経過したものであり、原告は「もしこれが陳述されるのであれば原告に反論の機会を与えるべき」と主張。被告、最終的に、準備書面(50）と乙112～116を撤回。審理終結。判決言渡しは10月１日。
10.1	判決言渡し	原告の請求を棄却する判決。

10.14	控訴状	１３名の原告による控訴。
12.3	★控訴理由書	目　次第１、はじめに―本件裁判の最大の争点と一審判決の問題点―― 第２、本裁判が提起する事案解明の重要性について１、本ＧＭイネと本件紛争の特徴２、本案訴訟の審理と判決について第３、耐性菌問題１、問題の所在２、耐性菌出現の一般的可能性と出現による深刻な脅威３、耐性菌出現の具体的可能性４、被告による事案解明５、一審判決の問題点６、小括第４、事案解明の立証責任論と予防原則１、問題の所在２、本件科学裁判の特徴３、事案解明の立証責任の検討４、予防原則について第５、カルタヘナ法違反１、本野外実験の第1種使用規程の承認手続の瑕疵（その１）２、本野外実験の第1種使用規程の承認手続の瑕疵（その２）第６、交雑問題１、問題の所在２、交雑の危険性を判断する基準について３、交雑防止策の評価の仕方について４、被告の提供のモニタリングの「結果」について５、一審判決の誤り第７、結論と今後の審理について１、結論２、今後の審理について――事案解明のための説明会開催―― 第８、補足――生命科学の基本的視点について―― １、生命観・自然観２、遺伝子組換え技術３、微生物・耐性菌４、耐性別紙１　仮処分の一審決定（抜粋）　別紙２　甲７１木暮意見書(２)２１頁図別紙３　第８、補足の参考文献一覧
12.28	証拠説明書１６	甲号証（１０７～１３９）
	甲１０７	一審判決に対する平松啓一順天堂大学教授の意見書。本件野外実験により耐性菌が出現した可能性が高く、ディフェンシン耐性菌の脅威について憂慮する旨を表明。
	甲１０８（本文＋別紙１＋別紙２）	一審判決に対する金川貴博京都学園大学バイオ環境学部教授の陳述書と別紙１（図）・別紙２（金川氏の論文「ディフェンシン産生の遺伝子組換えイネが高感染性のヒト病原菌を生み出す」）。１、「ディフェンシン耐性菌出現の危険」の論議が「ディフェンシンがイネの体外に漏出しているか」という論議にすりかわったこと。２、耐性菌出現の可能性について基礎的な部分は原被告間で争いがないこと。３、原被告間で見解が異なる「ディフェンシン耐性菌出現の頻度」についての最新の知見。４、出現する可能性のある耐性菌の種類・タイプについて５、耐性菌による被害の程度について
	甲１０９	一審判決に対する木暮一啓一審東京大学海洋研究所教授の陳述書。１、科学者の社会的責任２、判決の重要な見落としと被告の認識について３、ディフェンシン耐性菌出現の現実的可能性について
	甲１１０（本文＋別紙１＋別紙２）	一審判決に対する生井兵治筑波大学農林学系元教授の陳述書と別紙１（生井氏の論文「植物育種における受粉生物学の体系化」）・別紙２（論文の要約）。１、「あご・ほっぺ理論」から見ることについて２、ディフェンシン耐性菌が選択的に増殖する可能性について３、「カルタヘナ議定書」に依拠すれば予防原則が基本であること。４、自然交雑の可能性と非科学的な隔離距離基準等について５、非GMイネ集団との自然交雑に関するモニタリング方法の問題点について６、遺伝の原理や生態系のシステムはいまだに多くが未解明であること。７、「佐藤教授鑑定」の実験結果と結論に対する判決の問題点
	甲１１９	控訴人代理人中村多美子の陳述書。フランスで予防原則の適用を認めた２つの判決について、事案の概要と判決内容の紹介。
	甲１２０	甲１１０の生井兵治氏の講演『「あご・ほっぺ理論」にもとづく有機農業のための採種と育種』生命現象の本質を捉える基本理論である「あご・ほっぺ理論」について解説したもの。
	甲１２５（訳文）	遺伝子組換え食品の出荷停止を求める声明。アメリカ環境医学会が、遺伝子組み換えされた食品は健康に悪影響を及ぼすので、即座に出荷を停止することを求めるポジション･ペーパーを発表した。
	甲１２６	遺伝子組換え作物の栽培に関する米国の裁判のニュース記事。米国カリフォルニア北地区連邦地方裁判所が、米モンサント社の除草剤耐性GMサトウダイコンのUSDA（米国農務省）商業栽培承認は違法との裁定を下した。
	甲１３３	控訴人(地元農家)の陳述書。一審判決で考えたこと、二審裁判所に是非伝えたいことを陳述。
	甲１３４	同上。
	甲１３５	控訴人(地元消費者)の陳述書。同上。
	甲１３６	控訴人(地元農家)の陳述書。同上。
	甲１３７	控訴人(ちばてつや）の陳述書。同上。
	甲１３８	控訴人(加藤登紀子）の陳述書。同上。
	甲１３９（本文＋別紙）	控訴人(研究者中島貴子）の陳述書。同上。
1.22	上申書（本文＋別紙）	事案解明のために、いわゆる「科学説明会」の開催を申し入れたもの。	1.22	控訴答弁書
			同	証拠説明書２０	乙１１２～１１６
				★乙１１２	被告代理人よりZasloff博士に、彼の２つの論文（2002年と2005年）の関係について質問したメール
				★乙１１３	乙１１２に対するZasloff博士の回答といわれるもの。
2010 1.25	第１回	公開法廷で口頭弁論。東京高裁民事第２０部（裁判長倉吉敬，右陪席山本博，左陪席小林元二）。
3.8	★控訴準１	第１、はじめに　耐性菌出現の具体的可能性を裏付けるもう１つの主張・立証の補充第２、控訴理由書第３、３、耐性菌出現の具体的可能性の整理・補充　2005年Perron･Zasloff論文（甲９３）第３、控訴理由書第８、２、遺伝子組換え技術の補充　遺伝子組換え技術が従来の品種改良技術に比べ、技術上の重大な相違点として、「プロモーターの組み込み」があること。第４、控訴理由書第８、３、微生物・耐性菌の補充　カール・ジンマー著「大腸菌」（甲１４４）
同	証拠説明書１８	甲号証（１４３～１４４）
3.10	★控訴準２	第１、耐性菌出現の一般的可能性：抗生物質耐性菌との対比　抗生物質耐性菌とディフェンシン耐性菌の出現のメカニズムは共通か　　第２、耐性菌問題に対する被控訴人の認識　本野外実験の実施に際し、被控訴人は耐性菌問題に対しいかなる認識を有していたか第３、被控訴人の質問（乙１１２）とZasloff氏の回答（乙113）について　被控訴人は、2002年 Zasloff論文と2005年Perron･Zasloff論文（甲93）について「当のZasloffが試験管で抗菌蛋白質により耐性菌が出現するのを確認し、自身の前記主張が誤りであったことを率直に認め」た事実は存在しないと反論第４、「耐性菌の出現の場所」に対する一審判決の問題点
3.12	控訴準３本体＋別紙１＋別紙２	第１、控訴の趣旨の変更第２、事案解明の立証責任論――不適切な判例引用か否か―― 　伊方原発訴訟最高裁判決の引用が適切なものであること第３、予防原則の適用１、「予防原則」は我が国において法源不明の規範であるか。２、上記東京高裁判決いわゆる東京都日の出町の廃棄物処分場の事業認定処分の取消しを求めた訴訟の判決の判示によれば、《本件においても「予防原則」なる観点により立証責任が転換されるようなことはない》と解することが適切か。別紙１：ディフェンシン耐性のいもち病菌の調査方法別紙２：日の出町事業認定取消訴訟判決の判決文
			4.9	被控訴準１
			同	証拠説明書１
			4.16	被控訴準２
			同	証拠説明書２
4.26	控訴準４	控訴の趣旨（裁判の請求）の整理
同	上申書	事案解明のため、再度「科学説明会」の開催を申し入れたもの。
4.26	第２回	公開法廷で口頭弁論。裁判長と右陪席の交替。（裁判長春日通良，右陪席太田武聖，左陪席小林元二）。
6.10	控訴準５	１、控訴の趣旨の整理　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　２、控訴人準備書面(２)の訂正　　　　　　　　　　　　　　　　３、書面（乙２９）に対する釈明（乙１２１）について　　　　　　４、2005年Perron-Zasloff論文（甲９３）と本件野外実験の関係について
			6.18	被控訴準３
			同	証拠説明書３＋乙１２３
6.21	第３回	公開法廷で口頭弁論。
7.30	★控訴準６	第１、はじめに：控訴人の立証方針 (1)、裁判と無関係に公開された被控訴人自身の言葉（書面）をして語らしめること、 (2)、これまでの耐性菌問題の研究成果・実績という科学の「常識」をして語らしめること、第２、控訴人のこれまでの立証活動の全容１、控訴人の立証活動の概要２、立証に用いた証拠の全容　　　　　　　　　　　　　　　　　　３、被控訴人との攻防の概要　　　　　　　　　　　　　　　　　　　(1)、被控訴人の反論　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　(2)、「実験室と自然界の関係性」をめぐる攻防　(3)、「抗生物質耐性菌とディフェンシン耐性菌の出現のメカニズム」をめぐる攻防４、結論第３、今後の立証方針　東京大学大気海洋研究所教授の木暮一啓氏と被控訴人職員で本野外実験のリーダーである川田元滋氏両名の証人尋問を実施し、対質尋問することを申請。
同	★証拠申出書（証人尋問）尋問事項書(木暮一啓氏) ★尋問事項書(川田元滋氏) ★対質についての上申書	東京大学大気海洋研究所の木暮　一啓教授と被控訴人の本野外実験の中心である川田元滋の両名を証人として法廷で証言することを求め、なおかつ耐性菌の出現の有無をめぐって両者の証言に食い違うことが予想されたので、真相解明のため両証人を同席させて尋問を行う対質尋問を提案。 →9.13の裁判で、裁判所は全て却下。
			8.27	被控訴準４	原審で実施された京都大学の佐藤教授の鑑定の結果により、耐性菌問題は決着がついたと主張。
8.30	控訴準７	１、被控訴人準備書面４の主張（原審で実施された京都大学の佐藤教授の鑑定の結果により耐性菌問題は決着がついた）をくり返しているので、その主張の誤りを指摘。２、上記主張の誤りが、川田元滋氏の証人尋問により一層クリアになること。
8.30	第４回	公開法廷で口頭弁論。
9.8	文書提出命令申立書	被控訴人は、GMイネの野外実験に先立って、雑誌に発表した論文（甲３）中に、≪筆者らは現在、ディフェンシン、抗生物質および農薬の有効成分を用いて耐性菌の出現頻度の比較解析研究を進めている。≫（233頁左段34～36行目）と記載していたので、その研究成果を記載した文書の提出を求めたもの。 →9.13の裁判で、裁判所は「被控訴人が『そのような文書は存在しない』と回答している」ことを理由に、却下。 →これに対し、控訴人から、文書の存在の立証責任は控訴人にあるので、その立証のために甲３の論文を書いた川田元滋氏を証人として尋問したいと申し出た。 →裁判所は理由を告げずに却下→そのまま審理終結。
9.10	★控訴準８	第１、控訴の趣旨の変更第２、未解明の問題と証人尋問による解明　本裁判の最大の問題は，被控訴人は，甲３の執筆段階（本野外実験直前の段階）で、本件ＧＭイネの開発にともなうディフェンシン耐性菌の出現を一般的に予期し、しかも明確な科学的知見がないにもかかわらず，何故，本件野外実験に踏み切ったのかである。その理由は、被控訴人がＧＭイネの開発を優先し，ディフェンシン耐性菌が持つ危険性を過小評価していたからとしか考えられない。控訴人は、この点を、木暮氏及び川田氏の証人尋問を通じて明らかにする。
			9.13	意見書
			同	★ご連絡
			同	被控訴準５	未提出の扱いか？
9.13	第５回	公開法廷で口頭弁論。
11.1	★最終準備書面（第1部　要約）（第２部　本論＋別紙１＋別紙２＋別紙３）
11.24	判決言渡

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　番外編（準備手続期日における傍聴許可の申請をめぐって）

月日	原　告		月日	被　告
2006年 9.5	準備手続期日における傍聴許可の申請	傍聴人に、準備手続室に入室して、裁判を傍聴できるように裁判所に許可を求めたもの。	9.6	傍聴申請に対する被告意見	原告の申請に対する被告の意見。
9.7	傍聴許可に関する被告意見への反論	右被告の意見が余りに目に余るものだったので、これに対する反論を主張。

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